A Equipe de futebol da cidade surgiu inicialmente como Esporte Clube São José, com as cores alvinegras, era conhecido como Formigão do Vale, devido à grande presença de formigueiros no gramado em que o time atuava em casa. Apesar do título da ‘Primeira Divisão’ (Série A2) do Campeonato Paulista em 1972, a conquista não garantiu o acesso à elite do torneio naquele ano, a equipe enfrentou uma grave crise financeira e teve que alterar o nome do clube.

Em 1976, o Esporte Clube São José passou a chamar-se o São José Esporte Clube e alterou as cores oficiais usando o azul, o amarelo e o branco em alusão a bandeira da cidade de São José dos Campos, além disso o mascote do time passou a ser a Águia ao invés da Formiga.

Na década de 80, o São José viveu seu melhor momento em aspectos futebolísticos. Logo em 1980, o São José Esporte Clube repete o feito do Formigão do Vale e conquista o título da “Primeira Divisão’ (Série A2) do Campeonato Paulista, mas desta vez conquista trouxe o acesso. O ataque com Edinho, Nenê e Tião Marino foi a melhor da competição e marcou uma geração de torcedores joseenses, tendo Tião, maior ídolo do clube, como artilheiro do campeonato com 18 gols.

O São José alcançou o seu maior feito, em 1989, o São José chegou até a final do Campeonato Paulista, após vencer o Corinthians por 3 a 0 na semifinal, no Martins Pereira. Na grande decisão, a Águia teve que encarar o São Paulo. O Tricolor acabou conquistando o título após uma vitória por 1 a 0 e um empate sem gols no segundo jogo. Apesar do revés, o vice-campeonato do Campeonato Paulista continua na memória do torcedor joseense.

Ainda em 1989, o São José conquistou o vice-campeonato da Segunda Divisão, conquistando assim o direito de participar do tão sonhado Campeonato Brasileiro, em 1990. Além disso, a equipe fez um tour internacional conquistando torneios amistosos na Europa.

Atualmente, o São José Esporte Clube disputa apenas as competições estaduais, sendo que em 2020, a Águia conquistou o título do Campeonato Paulista Sub23, mais conhecido como a Bezinha, a quarta divisão do Campeonato Paulista. Com o título, a equipe voltou a comemorar um título estadual, após mais de 40 anos.