O time de futebol feminino de São José dos Campos começou a ser formado em 2000. Após vencer diversas edições dos Jogos Regionais, a equipe ganhou notoriedade e projeção além das fronteiras no qual conquistou grandes títulos como Campeonato Paulista, Copa do Brasil, além do tricampeonato da Libertadores (2011, 2013 e 2014) e o título do Mundial de Clubes (2014), tornando-se a única equipe do continente com esse título na modalidade.

O projeto do São José foi tão expressivo que o clube chegou a liderar o ranking de clubes da CBF por 5 anos. Atualmente, com o Futebol Feminino ganhando mais investimentos e espaço no cenário esportivo, os torneios estão cada vez mais disputado, mas ainda assim o clube joseense se mantém entre os principais times da modalidade, sendo a primeira e única equipe a disputar as 10 edições do Campeonato Brasileiro da modalidade organizado pela CBF.