O São José Esporte Clube é um dos clubes mais tradicionais do Vale do Paraíba e do Interior de São Paulo.

Fundado com o nome de Esporte Clube São José no dia 13 de agosto de 1933, por mais de 20 anos disputou torneios amadores. O clube mandava os seus jogos no antigo Estádio Martins Pereira que ficava no Centro da cidade, na Rua Antônio Saes e o seu primeiro mascote foi o “Formigão” por conta do grande número de “içás” que habitavam o município.

Sua estreia em competições profissionais foi em 1957, porém no ano seguinte voltou a disputar torneios amadores, voltando ao cenário profissional em 1964 com um time competitivo e dois títulos consecutivos: Campeão da Quarta Divisão e no ano seguinte Campeão da Terceira Divisão.

Em 1968 pediu licença das competições para que pudesse priorizar a construção do seu novo, e atual, Estádio Martins Pereira. Os anos seguintes não repetiram o sucesso dos primeiros e com dívidas acumuladas, o clube mudou de identidade e passou a se chamar São José Esporte Clube em 1976. Na esteira desta mudança, a Formiga e as cores preto e branco deram lugar à Águia e as cores do município (azul, amarelo e branco).

Os anos seguintes anteciparam o que viria a ser a década de maior projeção do São José.

Em 1980, o clube conquista o título Paulista da Divisão Intermediária após bater o Catanduvense por 4 a 0, no Pacaembu. Em 1981, pela primeira vez na sua história, participou da 1ª. Divisão Estadual, equivalente à atual Série A1. O São José enfrentou os clubes grandes de igual para igual e terminou a competição na 4ª colocação.

Por conta da boa campanha no Estadual, no ano seguinte, se tornaria o primeiro clube do Vale do Paraíba a figurar no cenário nacional tendo vaga garantida na Primeira Divisão do Campeonato Brasileiro de 1982 e teve um trio de ataque que marcou época para os joseenses: Edinho, Tião Marino e Nenê, que estavam no clube desde 1979.

Tião Marino, no período que esteve no São José (1979-1983) se tornou o maior artilheiro da história do clube, com 82 gols anotados, boa parte deles, de cabeça, especialidade do camisa 9.

Após alguns anos nas divisões menores, o São José ressurge na elite do Paulista em 1987. No ano seguinte, em 1988, treinado pelo ex-arqueiro joseense Emerson Leão, terminou a competição na 4º colocação, sendo parado na semifinal pelo Guarani de Campinas.

1989 foi o ano mágico do São José!

Treinado pelo ex-meio campista da Águia, Ademir Mello, e com um elenco composto por vários atletas de nível nacional, como Luis Henrique, Joãozinho, Delacir, Vander Luis, Tita, e o artilheiro do Paulistão, Toni. O São José surpreendeu todos os grandes e fez, no Martins Pereira um dos jogos mais memoráveis de sua história contra o Corinthians. No dia 25 de junho de 1989, o São José chegava, pela primeira vez, em uma semifinal do Paulistão e, com a vantagem de decidir em casa, buscava reverter o placar adverso da primeira partida na capital. A Águia não tomou conhecimento dos corinthianos e garantiu a sua vaga na final com uma vitória de 3 a 0 (1 x 0 no tempo regulamentar e 2 x 0 na prorrogação). Na finalíssima, enfrentou o São Paulo em duas partidas no Morumbi, e sagrou-se vice-campeão Paulista. Após a bela campanha vitoriosa, o clube fez sua primeira excursão internacional para a Espanha, onde fez 9 jogos amistosos (com 5 vitórias e 4 empates). No mesmo ano, foi vice-campeão Brasileiro da Série B, o que assegurou novamente uma vaga na elite do Brasil.

Em 1990, disputou os dois principais torneios do país: o Brasileirão da Série A e a Copa do Brasil, mas sem o brilho do ano anterior. Foi rebaixado no Brasileirão e eliminado na primeira fase da Copa do Brasil pelo Coritiba.

Voltaria a disputar a Série A1 no ano de 1997, mas em 1999 seria novamente rebaixado e, não somente não mais voltou a disputar o Paulistão, como, entre acessos e descensos, por alguns anos flertou com a real possibilidade de extinção. Um dos anos mais marcantes foi o de 2006. Com o apoio do ex-zagueiro Roque Júnior (revelado pelo clube nos anos 90) e um elenco formado por garotos da cidade sob o comando do também ex-zagueiro Mário Amado (conhecido como Marião), o São José fez uma campanha surpreendente e subiu da Série A3 para a Série A2, conquistando o vice-campeonato da competição. Nos anos seguintes chegou próximo do sonhado acesso, mas, mesmo chegando próximo, o objetivo acabou não sendo conquistado.

Um dos maiores destaques deste período, foi o atacante Renato Santiago, o “Santiagol”, que marcou 35 gols em 78 jogos com a camisa do São José.

Neste intervalo de tempo, o São José Futebol Feminino também teve a sua década de ouro e teve um papel fundamental no desenvolvimento e difusão do Futebol Feminino, alcançando títulos de expressão no cenário nacional e Internacional. Contando com atletas com passagens vitoriosas pela Seleção Brasileira, como: Formiga e Cristiane, o São José fez história: 3 títulos Paulistas (2012, 2014 e 2015), 2 Copas do Brasil (2012 e 2013), 3 Libertadores da América (2011, 2013 e 2014) e um inédito Campeonato Mundial de Clubes em 2014. O São José é, até hoje, o único time das Américas a ter vencido essa competição.

Voltando ao Futebol Masculino, em 2020, em um processo de reestruturação que estava em curso, em meio a pandemia da COVID-19, voltou a levantar uma taça, de Campeão Paulista da Segunda Divisão (atual série A4) e garantiu o tão aguardado retorno à Série A3.

Em 2022, com o advento da Lei da SAF, constituiu-se o São José EC- SAF e em seu primeiro ano de existência, garantiu o seu acesso à Série A2 com o vice-campeonato da Série A3 e, com o vice-campeonato da Copa Paulista, também assegurou, após 23 anos, o retorno ao cenário nacional para a disputa do Campeonato Brasileiro da Série D.

A construção de um Centro de Treinamento, a administração sob concessão pública do estádio Martins Pereira, investimentos nas categorias de base e o apoio de uma cidade apaixonada pelo São José são alguns dos pilares para assegurar uma estrutura de acordo com as ambições do clube para as próximas décadas.